Il Bhutan lungo quasi 300 Km. e largo 150, è quasi interamente montagnoso con rilievi che vanno dai 100 m. delle zone al confine indiano, fino all'altezza di 7.575 m. del Gangkhar Puensum sul confine tibetano. Qui una barriera di neve impenetrabile intervallata da alcuni alti passi montani, un tempo strade commerciali del sale e dell’orzo, metteva in comunicazione l’India con Il Tibet.
La catena Himalayana si estende da est con il Jhomolhari 7314 m., il Jhomolhari II 6935 m., il Jichu Drakye 6989 m., lo Tsheri Kanga, chiamato anche Takaphu di 6526 m. a ovest, il Masa Gang, 7144 m., il Kulha Gangri 7554 m., il Kangphu Kang 7200 m. della zona centro settentrionale fino al Chura Kang e Ganula Kang. nella regione est.
Lungo tutta la catena si sviluppano altri picchi più bassi, talvolta senza nome e comunque inviolati ed inesplorati poichè considerati dimora delle divinità protettrici del paese.
A sud della catena si articolano ampie vallate e colline boscose comprese tra i 1100/3500 metri. In questa vasta fascia sono comprese tutte le principali città del paese, tra cui Thimphu, la capitale.
Impetuosi fiumi scavando profonde gole hanno contribuito alla conformazione del territorio ed il loro potenziale idrico è il motore dello sviluppo dell'economia locale.
Alle valli si alternano colline troppo scoscese per essere coltivate e quasi sempre ricoperte da foresta vergine.
Tra queste valli, lungo l’asse stradale est-ovest che taglia il paese in 2 parti si attraversano il passo Dochu La a 3140 m. tra Thimphu e Punakha, il Pele La 3420m. il principale valico dei Monti Neri tra Wangdi Phodrang e Trongsa, ed lo Yotong La 3425 m, tra Trongsa e la Valle di Bumthang.
L'ecosistema del Bhutan è rimasto sostanzialmente intatto nei secoli e vanta un altissimo livello di biodiversità e varietà di habitat naturali.
L’oltre 72% del paese ricoperto da foresta, è tutelato da apposite politiche ambientali che stanno alla base dell'etica economica del Bhutan e grazie alle quali più di un quarto del regno si trova all'interno di aree protette.
La flora comprende una varietà di oltre 5000 specie vegetali, tra cui 300 tipi di erbe medicinali utilizzate nella farmacopea tradizionale.
Ci sono 165 specie di mammiferi e 675 specie di uccelli tra cui molti animali in via di estinzione, come la gru dal collo nero, il panda rosso, il leopardo delle nevi ed il takin, l’animale nazionale del Bhutan.
Il takin è un goffo bestione con la testa di capra ed il corpo di bovino che vive libero il alcune zone al confine con il Tibet e in cattivita’ nella riserva di Motithang sulla coliina di Thimphu
Tra i mammiferi di grandi dimensioni ci sono diverse specie di cervi, i bharal (incrocio tra capre e antilopi), yak, lupi.